O jurista presidiu o STF entre 1995 e 1997. Também presidiu o Tribunal Superior Eleitoral (TSE) entre 1993 a 1994 e de 2003 a 2005.

Atuou como procurador-geral da República, entre 1985 e 1989, e presidiu a Comissão de Ética Pública da Presidência no primeiro mandato de Dilma Rousseff.

Após a morte de Pertence, o atual presidente do TSE, ministro Alexandre de Moraes, lembrou que foi durante a primeira gestão do ministro aposentado que a Justiça Eleitoral garantiu o direito ao voto aos jovens de 16 anos.

Moraes também afirmou que Pertence "possibilitou a criação de uma base que permitiu a implementação do voto eletrônico no país nos anos que se seguiram".

Já aposentado do serviço público, em 2018 Pertence passou a integrar a equipe de advogados do então ex-presidente Luiz Inácio Lula da Silva, representando o petista em julgamento no Superior Tribunal de Justiça (STJ) de um habeas corpus preventivo para evitar a prisão.

Lula havia sido condenado pela 8ª Turma do Tribunal Regional Federal da 4ª Região, com sede em Porto Alegre (RS), em um processo relacionado à Operação Lava Jato. O pedido da defesa acabou sendo negado.

À época, Pertence criticou a decisão. “Foi um resultado unânime no qual o tribunal preferiu manter-se na posição punitivista em grande voga no país e perdeu a oportunidade de evoluir e voltar a dar à garantia constitucional da presunção de inocência o seu devido valor”, afirmou após o término do julgamento.